Материалы по тегу: hpc

08.04.2020 [00:19], Андрей Созинов

Японский суперкомпьютер Fugaku на ARM-процессорах присоединится к борьбе с COVID-19

Всё больше вычислительных мощностей включается в борьбу с коронавирусом. Теперь и строящийся японский суперкомпьютер Fugaku будет использоваться для противостояния COVID-19. Приоритет будет отдаваться исследованиям, выбранным Министерством образования, культуры, спорта, науки и технологий Японии.

Строительство суперкомпьютера Fugaku началось в декабре 2019 года и полноценный ввод в эксплуатацию запланирован на 2021 год.

Однако уже готовые к использованию вычислительные мощности системы было решено применить на благо всего человечества. Сообщается, что суперкомпьютер будет использоваться для исследований, направленных на:

  • выявление характеристик нового коронавируса;
  • выявление соединений, которые можно использовать в качестве терапевтических агентов против COVID-19;
  • улучшение диагностики и лечения коронавируса;
  • улучшение понимания механизмов распространения инфекций и их социально-экономических последствий;
  • другие проекты, которые могут внести свой вклад против коронавируса.

В феврале 2019 года было решено, что одним из применений Fugaku станет решение важных научных и социальных задач, основанных на стратегии «Общество 5.0», принятой правительством Японии. И использование машины для борьбы с новым вирусом отлично вписывается в данную концепцию.

«Одна из важнейших задач Fugaku, как флагманского суперкомпьютера Японии, состоит в том, чтобы защищать благосостояние граждан, используя его огромную вычислительную мощность, — говорит Сатоши Мацуока (Satoshi Matsuoka), директор Центра компьютерных наук RIKEN (R-CCS). — Для борьбы с глобальной пандемией вируса COVID-19 мы быстро предоставим доступ к возможностям Fugaku, ускорив его подготовку, чтобы ускорить научный процесс диагностики, лечения, а также общей профилактики распространения инфекции, чтобы способствовать скорейшему прекращению пандемии».

Напомним, что Fugaku станет самым производительным суперкомпьютером Японии, и возможно, самым экологичным в мире. Его проектная вычислительная мощность составляет 400 Пфлопс. В основе системы лежат серверные ARM-процессоры Fujitsu A64FX.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1007824
06.04.2020 [22:23], Николай Хижняк

NVIDIA присоединилась к HPC-консорциуму для борьбы с COVID-19

К суперкомпьютерному консорциуму High Performance Computing (HPC) Consortium, направленному на борьбу с коронавирусной инфекцией COVID-19, присоединились специалисты NVIDIA. В состав консорциума вошли ведущие технические специалисты из американского правительства, академических учреждений, а также индустриальные эксперты из IBM, Amazon Web Services, Google Cloud и Microsoft.

Основная цель консорциума — ускорение разработки эффективных методов выявления и лечения коронавируса.

Компания готова предоставить доступ к 30 суперкомпьютерам с суммарной производительностью более 400 Пфлопс. Помимо этого, специалисты NVIDIA готовы поделиться своим опытом в сферах искусственного интеллекта, суперкомпьютерных вычислений, поиска лекарств, молекулярной динамики, геномики, диагностической визуализации и анализа данных.

Блог компании сообщает, что рабочая группа специалистов NVIDIA готова:

  • Применить опыт использования искусственного интеллекта для более эффективного поиска и обработки данных;
  • Поделиться многолетним опытом в исследованиях молекулярной биологии, медицинской визуализации и вычислительной гидродинамики;
  • Масштабировать и оптимизировать рабочий процесс компьютерных вычислений.

Кроме того, компания предоставляет доступ к своей облачной платформе NVIDIA GPU Cloud (NGC) для размещения и обмена программным обеспечением, связанным со сферами искусственного интеллекта и медико-биологических разработок. Средства исследования COVID-19 находятся в открытом доступе и оптимизированы для работы на широкой базе GPU-платформ: суперкомпьютерах, системах NVIDIA DGX, NGC-серверах, а также открытых облачных GPU-платформах и рабочих станциях на базе NVIDIA Quadro.

Блог компании также отмечает, что графические процессоры NVIDIA уже используются во многих суперкомпьютерах, занимаясь поиском и решений проблем, связанных с COVID-19.

Учёные использовали самый быстрый в мире суперкомпьютер Summit, установленный в Ок-Риджской национальной лаборатории, для поиска 77 лекарственных соединений, которые могут оказаться эффективными в лечении болезни. Благодаря использованию 27 000 графический процессоров NVIDIA работу, на которую могло бы потребоваться несколько лет, компания выполнила всего за несколько дней.

Группа исследователей из Техасского университета в Остине (США) и Национальных институтов здравоохранения США, используя графические процессоры NVIDIA, создала первую в мире трёхмерную атомную карту шиповидного белка вируса, который цепляется к человеческим клеткам. Картирование белковых соединений очень важно для разработки эффективных лекарственных средств.

Белки нового вируса (2019-nCoV) и старого (SARS)

Белки нового вируса (2019-nCoV) и старого (SARS)

Сотни тысяч владельцев домашних компьютеров на базе графических процессоров NVIDIA принимают участие в проекте Folding@Home с целью поиска лекарства от нового коронавируса. Более 356 000 GPU NVIDIA вносят свой вклад в обеспечении суммарной мощности вычислений на уровне 1,5 экзафлопса.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1007704
31.03.2020 [20:31], Игорь Осколков

Новый Топ-50 суперкомпьютеров СНГ: смена лидера и первая система с AMD Radeon

Сегодня была представлена новая, 32-ая по счёту редакция 50 самых производительных суперкомпьютеров СНГ. Суммарная производительность всех систем Top50 в тесте Linpack с момента публикации прошлой редакции полгода назад выросла до 20 Пфлос, а пиковая — до 30,6 Пфлопс. В 31-й редакции списки значения были 12,8 и 20,9 Пфлопс соответственно.

Лидером списка, как и ожидалось, стал суперкомпьютер Кристофари (Christofari), принадлежащий облачному подразделению Сбербанка.

В мировом рейтинге TOP500 он находится на 29-ом месте. Его пиковая производительность равна 8,8 Пфлос. Для сравнения — предыдущий лидер Топ-50, суперкомпьютер «Ломоносов-2» в МГУ, имеет пиковую производительность 4,9 Пфлопс. С появлением Кристофари большая часть систем сместилась на одну позицию вниз, а порог для входа в Топ-50 соответственно поднялся до 56,84 Тфлопс.

Кроме того, в рейтинге появились две новые машины. Одна занимает 15-е место с пиковым показателем 496,9 Тфлопс, другая — 37-е с 150,24 Тфлопс. Первая принадлежит газодобывающей компании НОВАТЭК и предназначена для расчётов в области геофизики, а вторая, PetaNode 1.0 Cluster, ориентирована на моделирование климата.

Также ряд машин получил обновления. В частности, одна из систем «Политехник» сохранила за собой пятое место в рейтинге, нарастив пиковую производительность до 1,15 Пфлопс благодаря установке нового сегмента из 30 узлов на базе Intel Xeon Platinum 8268. Аналогичные узлы, но уже в количестве 51 шт. получил суперкомпьютер МВС-10П ОП2. За счёт апгрейда эта система стала вдвое быстрее (427,6 Тфлопс) и поднялась на 12-ю строчку рейтинга.

Наконец, обновление суперкомпьютера «Уран» и соответствующий рост пиковой производительности до 326,85 Тфлопс позволили ему подняться на 18-е место — система получила новые узлы на базе Intel Xeon Gold 6240 и NVIDIA Tesla V100. Все три обновлённые машины работают в научно-образовательной и исследовательской сферах. Всего в рейтинге есть 23 системы для науки и образования, машин для конкретных прикладных исследований стало 10 (было 13), а суперкомпьютеров для промышленности так и осталось 3.

Все суперкомпьютеры текущего списка Топ-50 используют процессоры Intel, а 27 из них также оснащены различными ускорителями. Подавляющее большинство из них приходится на решения NVIDIA, но есть 7 систем с Intel Xeon Phi. Упомянутый выше новичок рейтинга PetaNode 1.0 Cluster — единственная система с ускорителями AMD. В данном случае это Radeon Instinct MI50.

HPE установила наибольшее число систем в списке 13. За ней следуют отечественные производители РСК и «Т-Платформы», имеющие по 11 систем в портфолио. Впрочем, активность в последнее время проявляет только РСК, и если конкуренты не предпримут ответных действий, она останется лидером среди российских компаний. За IBM числится лишь одна система.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1007241
29.03.2020 [13:02], Владимир Мироненко

Intersect360 Research: пандемия коронавируса отразится на рынке HPC, но по-разному для разных индустрий

Компания Intersect360 Research внесла корректировки в прогноз развития рынка высокопроизводительных вычислительных систем (HPC) на текущий год. В новом отчёте Intersect360 Research указано, что рынок продуктов и услуг (HPC) значительно сократится по сравнению с первоначальным прогнозом на 2020 год из-за глобальной пандемии COVID-19.

Согласно пересмотренному прогнозу «Worldwide High Performance Computing Market Forecast: Pre-Announce Guidance Related to the Effects of COVID-19», объём рынка в текущем календарном году может сократиться в пределах от 11 до 12 %.

NVIDIA

NVIDIA

Первоначальный прогноз Intersect360 Research предполагал рост рынка HPC в 2020 году на 7 % по сравнению с 2019 годом. Распространение пандемии свело на нет факторы роста, и теперь аналитики предполагают, что в лучшем случае рынок может остаться на тот же уровне, в худшем случае падение составит 12 %, то есть среднее ожидаемое сокращение рынка составляет 6 %.

«Мы всё ещё находимся на начальном этапе изучения информации о пандемии COVID-19 и её значении для всего мира, — отметил Эддисон Снелл (Addison Snell), генеральный директор Intersect360 Research. — Вместе с тем мы не можем думать, что всё останется прежним. Наши данные и опыт показывают, что на рынке высокопроизводительных вычислений в результате распространения нового коронавируса произойдёт перестройка».

В отчёте указано, что падение не будет равномерным по всем сегментам рынка. Такие сегменты рынка HPC, как исследования в государственном секторе и фармацевтика, непосредственно участвующие в глобальной борьбе с COVID-19, будут подпитываться инвестициями. А сегменты, связанные с автомобильным и аэрокосмическим машиностроением, разведкой нефти и развлечениями, уже находятся в состоянии упадка.

«По мере того, как бюджеты HPC сокращаются, большинство организаций отдают предпочтение выплатам персоналу и другим существующим операционным расходам по сравнению с новыми приобретениями и модернизациями. Во многих случаях, даже когда бюджеты не сокращаются, неопределённость вызывает задержки в закупках, что может привести к увеличению расходов из года в год. С другой стороны, мы ожидаем, что расходы на облачные вычисления для HPC значительно возрастут сверх и без того прогнозируемых нами высоких темпов роста», — считают аналитики Intersect360 Research.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1007069
26.03.2020 [14:51], Андрей Крупин

Суперкомпьютер МСЦ РАН задействуют для борьбы с коронавирусом

Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук (МСЦ РАН) задействует ресурсы вычислительного комплекса «МВС-10П ОП» для моделирования биохимических процессов и разработки лекарственных препаратов против коронавирусной инфекции COVID-19.

Суперкомпьютер «МВС-10П ОП» разработан группой компаний РСК и используется в составе вычислительных систем МСЦ РАН с 2017 года. В основу комплекса положена кластерная система на базе архитектуры «РСК Торнадо» с прямым жидкостным охлаждением. В конце 2019 года суперкомпьютер был модернизирован, в результате чего его пиковая производительность достигла 771 Тфлопс. Значительного прироста мощности в 209 Тфлопс удалось достичь благодаря добавлению нового сегмента на базе высокопроизводительных процессоров Intel Xeon Scalable второго поколения.

Вычислительные ресурсы «МВС-10П ОП» будут использованы российскими учёными в кооперации с зарубежными коллегами из Финляндии, Китая, Японии и Канады в рамках реализации проекта по разработке медицинских препаратов для диагностики и терапии инфекционного заболевания COVID-19.

«Идея нашего проекта — с помощью методов молекулярного моделирования сделать компьютерный «дизайн» медицинского препарата, избирательно взаимодействующего с рецептор-связывающим доменом Spike-белка коронавируса штамма SARS-CoV-2. Самые перспективные агенты специфического связывания будут использованы для диагностики (идентификации вирусных частиц в слюне), а также для разработки противовирусных средств, блокирующих инфицирование. Результаты теоретических расчётов и компьютерного моделирования затем будут проверены экспериментально на белках, вирусах и клетках», — говорят исследователи, подчёркивающие, что поиск способов предотвращения или снижения негативных последствий от коронавирусной инфекции сегодня является приоритетным направлением научных исследований.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1006886
26.03.2020 [10:10], Андрей Созинов

Видео дня: монтаж суперкомпьютера Sawtooth

Национальная лаборатория Айдахо (INL) опубликовала видео, на котором продемонстрировала процесс установки своего нового суперкомпьютера Sawtooth. Данная система основана на платформе HPE SGI 8600, в которой используются 24-ядерные процессоры Intel Xeon Platinum 8268 семейства Cascade Lake-SP.

Всего система состоит из 2079 узлов, которые в сумме включают 99 792 ядра с тактовой частотой 2,9 ГГц. Система обладает 395 Тбайт оперативной памяти, а также оснащена 108 ускорителями NVIDIA Tesla V100. Узлы объединены интерконнектом Mellanox Infiniband EDR/HDR.

Максимальная производительность достигает примерно 6 Пфлос. Суперкомпьютер потребляет 1,5 МВт энергии, и в нём используется система прямого жидкостного охлаждения.

Компоненты суперкомпьютера прибыли в лабораторию в декабре прошлого года, и уже довольно скоро суперкомпьютер станет доступен исследователям. Система стоимостью $19,2 млн ещё до своего полного ввода в эксплуатацию заняла 37-е место в списке самых производительных суперкомпьютеров TOP-500 версии конца 2019 года.

Новый суперкомпьютер Sawtooth будет использоваться исследователями из Национальной лаборатории Айдахо для моделирования новых видов ядерного топлива и конструкций ядерных реакторов. Он позволит сократить время, ресурсы и затраты, необходимые для разработки, тестирования и последующего вывода новых атомных технологий на рынок. Отмечается, что Sawtooth должен стать основной системой для исследований ядерных энергетических технологий Министерства энергетики США.

Интересно, что помимо Национальной лаборатории Айдахо доступ к ресурсам суперкомпьютера Sawtooth смогут получить три других исследовательских университета Айдахо, которые объединены в местную сверхскоростную оптоволоконную сеть IRON.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1006827
23.03.2020 [13:48], Андрей Созинов

Cancer Computer использует списанные серверы для борьбы с раком и коронавирусом

Крупные компании регулярно обновляют свои серверы, чтобы получать больше вычислительной мощности и уменьшать затраты на их содержание. Старое же аппаратное обеспечение обычно отправляется на переработку или вовсе выбрасывается, но бывают и исключения.

Например, канадская благотворительная организация Cancer Computer предлагает использовать такое оборудование для медицинских исследований.

Организация была основана 5 лет назад и с тех пор накопила 14 300 процессорных ядер, что даёт ей вычислительную систему, соответствующую по производительности среднему университетскому кластеру в США или Канаде. В большинстве случаев Cancer Computer получает оборудование от корпоративных партнёров, которые желают посодействовать исследованиям.

Как можно догадаться по названию, главной целью организации Cancer Computer является борьба с раком. Исследования в данной области как раз нуждаются в высокопроизводительных вычисления. Однако одним лишь раком исследования не ограничиваются, и канадская организация помогает бороться и с другими опасными заболеваниями, а также поддерживает исследования в области нейробиологии через проект Rosetta@Home.

Теперь же Cancer Computer присоединилась к глобальной борьбе с COVID-19. Отмечается, что организация направила на помощь в исследованиях в данной области все свободные вычислительные мощности, которые теперь помогают исследователям из Вашингтонского университета в Сиэтле искать лечение от коронавируса.

Подавляющее большинство серверов, полученных Cancer Computer за пять лет существования построены на процессорах Intel, однако также есть несколько дюжин серверов на процессорах AMD и системы с GPU-ускорителями. По словам представителей организации, им бы хотелось заполучить больше систем на AMD, так как они показали свою высокую эффективность в некоторых биологических вычислениях.

На данный момент большинство вычислительных мощностей Cancer Computer располагает в тех учреждениях, которые будут их использовать, выступая своего рода посредником между коммерческими организациями и исследователями. Это самые различные университеты и институты в Канаде и США. Ещё часть пожертвованных серверов располагается на обычных хостингах и частных площадках, а в будущем организация планирует расширить присутствие в коммерческих ЦОД.

В итоге же масса исследователей может получить доступ к тому или иному объёму вычислительных мощностей. К тому же работа Cancer Computer помогает сократить количество электронных отходов. Отмечается, что всё больше организаций понимают важность продления срока службы вычислительных систем, и поддерживают инициативы, подобные Cancer Computer.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1006585
23.03.2020 [12:43], Владимир Мироненко

330 Пфлопс на борьбу с коронавирусом: IBM и DoE создали HPC-консорциум

Компания IBM объявила в воскресенье о создании в сотрудничестве с Министерством энергетики США (DoE) консорциума COVID-19 High Performance Computing (HPC) Consortium с целью использования высокопроизводительных вычислений для борьбы с коронавирусной инфекцией COVID-19.

Консорциум позволит объединить вычислительные возможности ряда самых мощных и передовых компьютеров, чтобы помочь учёным во всём мире в исследовании и разработке методов лечения и создании потенциальных лекарств.

Для нужд исследователей будет задействовано 16 суперкомпьютерных систем на базе 775 000 процессорных ядер и 34 000 GPU с совокупной производительностью свыше 330 Петафлопс. Эти высокопроизводительные вычислительные системы позволят исследователям проводить большое количество вычислений в области эпидемиологии, биоинформатики и молекулярного моделирования за часы или дни вместо месяцев или даже лет.

Два критически важных применения вычислительной мощности консорциума могут включать: разработку прогностических моделей для оценки прогресса заболевания и моделирование новых потенциальных методов лечения и возможной вакцины.

Помимо IBM в консорциум вошли Amazon Web Services, Google Cloud, Microsoft, Массачусетский технологический институт (MIT), Политехнический институт Ренсселера (RPI), Ливерморская национальная лаборатория им. Лоуренса (LLNL), Аргоннская национальная лаборатория (ANL), Национальная лаборатория Ок-Ридж (ORNL), Сандийские национальные лаборатории (SNL), Лос-Аламосская национальная лаборатория (LANL), Национальный научный фонд (NSF) и NASA.

IBM совместно с партнёрами по консорциуму будет координировать усилия по оценке предложений ведущих учреждений и предоставлять доступ к HPC-мощностям для наиболее актуальных проектов.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1006562
19.03.2020 [15:49], Владимир Мироненко

Hyperion Research: о влиянии COVID-19 на мировой рынок HPC говорить рано

В связи с тем, что сейчас сложно предсказать, как сложится в дальнейшем ситуация с распространением коронавирусной COVID-19, Hyperion Research считает, что слишком рано говорить о влиянии пандемии на мировой рынок высокопроизводительных вычислений.

Вместе с тем, основываясь на последних разработках и дискуссиях с HPC-вендорами по всему миру, Hyperion Research предполагает возможность ряда последствий вспышки коронавируса:

  • Задержка поставок продукции. HPC-вендоры сообщают, что из-за заболеваний персонала и мер предосторожности упала производительность, а также были временно закрыты некоторые заводы поставщиков компонентов HPC, особенно в Китае.
  • Падение доходов. Задержка поставок продукции приведёт к задержке получения доходов. Hyperion Research ожидает, что мировые доходы от HPC-сервисов будут ниже, чем предыдущие прогнозы на 1 и 2 кварталы 2020 года, и, вероятно, будут выше, чем предыдущие прогнозы после того, как угроза COVID-19 снизится.
  • Задержка исполнения заказов. Неспособность поставщиков лично встретиться с заказчиками и потенциальными клиентами или посетить конференции по поддержке продаж и отраслевые встречи, вероятно, на время приведёт к сокращению бизнес-потоков.
  • Задержка разработки продуктов. Сбои в цепочке поставок и ограниченный доступ команд разработчиков к своим рабочим местам, вероятно, тоже задержат появление на рынке некоторых продуктов, находящихся в стадии разработки, хотя виртуальные онлайн-конференции в некоторой степени позволят восполнить этот пробел.
  • Рост спроса на HPC для борьбы с COVID-19. Многие поставщики сообщают о возникшей потребности в мощностях HPC со стороны правительственных и академических организаций, проводящих исследования COVID-19. Хотя этот спрос описывается как «существенный», он обычно предполагает использование существующих систем HPC, а не заказы на поставку нового оборудования.
  • Обнадеживающие признаки. Согласно данным СМИ, за исключением Уханя, центра вспышки коронавирусной инфекции COVID-19, в Китае сотрудники начинают возвращаться на работу. Это является подтверждением эффективности мер правительства КНР по борьбе с COVID-19.
Постоянный URL: http://servernews.ru/1006337
16.03.2020 [16:32], Владимир Мироненко

Еврокомиссия выделила средства на суперкомпьютерную платформу Exscalate для борьбы с коронавирусом

Европейская комиссия объявила сегодня о выделении нового финансирования консорциуму Exscalate (Exscalate4CoV, E4C) для реализации проектов по борьбе с пандемией коронавируса и улучшению ведения пациентов и ухода за ними. 

С целью более быстрого и эффективного противостояния глобальным пандемиям консорциум E4C использует суперкомпьютерные ресурсы ЕС, объединяя их с некоторыми из лучших на континенте исследовательских лабораторий в области биологических наук.

В основе проекта лежит Exscalate (EXaSCale smArt pLatform Against paThogEns), на данный момент самая мощная, экономичная и интеллектуальная суперкомпьютерная платформа в мире, разработанная компанией Dompé.

Перед E4C стоит двойная задача: выявить молекулы, способные воздействовать на коронавирус (2019-nCoV), и разработать эффективный инструмент для противодействия будущим пандемиям, которые со временем будут консолидироваться.

В частности, E4C стремится:

  • Создать на длительное время пример быстрого научного ответа на любой будущий сценарий пандемии. Модель использует HPC-платформу для генерации и анализа 3D-моделей и экспериментальной 3D-структуры.
  • Провести быструю виртуальную идентификацию известных лекарств (перепрофилирование) или патентованных / коммерческих молекул-кандидатов для дальнейшего экспериментального определения характеристик.
  • Определить схему рабочего процесса для биохимического и клеточного скринингового теста, чтобы проверить молекулы-кандидаты и подтвердить посредством фенотипических и геномных анализов.
  • Подготовить вместе с EMA план развития для успешных кандидатов на прямые исследования типа «first in human» (исследование первого применения препарата у человека) или для дальнейшего тестирования на животных в ходе промежуточных исследований.

У E4C намечено два тесно взаимосвязанных направления деятельности. Одно из них будет в первую очередь компьютеризировано и будет опираться на биоинформатические и хемоинформатические технологии и алгоритмы, а второе будет ориентировано на геномный, биохимический и биологический подход.

Суперкомпьютерный компонент проекта будет затем использоваться для моделирования будущих мутаций вируса. Это позволит идентифицировать молекулы-кандидаты (либо из многоцелевых библиотек, либо из проприетарных или коммерческих библиотек соединений), которые затем будут предоставлены и/или синтезированы для тестирования. Параллельно партнёры E4C должны начать производство белка для некоторых идентифицированных последовательностей.

Консорциум также откроет платформу Exscalate для внешних партнеров, желающих сотрудничать в разработке лекарств, как это было ранее с вирусом Зика.

В январе этого года Европейская комиссия объявила конкурс с фондом в 10 миллионов евро на лучший проект, направленный на борьбу с коронавирусной инфекцией COVID-19 посредством разработки вакцин, средств лечения и диагностики. После этого в марте Еврокомиссия сообщила о создании фонда в размере 37,5 млн евро для борьбы с коронавирусом.

Постоянный URL: http://servernews.ru/1006039
Система Orphus