SC19: исследование эффективности Intel Optane DCPMM и IMDT в научных расчётах

 

Огромные объёмы данных генерируют не только пользователи социальных сетей; как мы уже рассказывали читателям, сервис «ВКонтакте» вынужден прибегать к использованию новых технологий Intel Optane, чтобы справиться с такой нагрузкой.

Не меньших, а то и сопоставимых ресурсов требуют некоторые научные задачи. Некоторые из них просто нуждаются в чудовищных объёмах оперативной памяти. Использование гибридных решений на базе памяти Intel Optane позволяет решить данную проблему.

Оценка сравнительной эффективности таких решений была представлена в докладе на SC19, сделанным c.н.с. к.ф.-м.н. химического факультета МГУ имени М. В. Ломоносова Владимиром Мироновым. Работа подготовлена при участии зав. лаб. Суперкомпьютерного моделирования ИВМИМГ СО РАН, к.ф.-м.н. Игоря Черных.

Традиционный ответ на задачу заключается в использовании гибридных систем хранения данных или, в случае массивных параллельных вычислений, систем распределённой памяти. Но оба варианта ответа имеют свои недостатки: СХД, даже гибридные, могут оказаться недостаточно быстры, а работа с распределённой памятью существенно усложняет программное обеспечение и, опять-таки, в некоторых случаях приводит к неприемлемому проседанию производительности.

Технология Intel IMDT позволяет расширять память за счёт накопителей Optane

Технология IMDT позволяет расширять память за счёт накопителей Optane

Кроме того, затраты на создание подобных инфраструктур бывают весьма велики ‒ достаточно сравнить стоимость гигабайта DRAM и флеш-памяти. Существует третий ответ, который заключается в применении гибридной памяти на базе микросхем Intel Optane. Сама технология Optane позволяет говорить об априори более высокой производительности, нежели у SSD, и тем более, HDD, а стоимость гигабайта продолжает оставаться ниже аналогичного показателя для DRAM.

Принципы функционирования IMDT

Принципы функционирования IMDT

Одно из предлагаемых Intel решений носит название IDMT (Intel Memory Drive Technology), причём, оно вовсе не обязательно требует применения модулей NVDIMM Optane DC Persistent Memory. Благодаря развитым средствам виртуализации, которые могут быть доступны ещё на этапе инициализации UEFI, становится возможным расширять объём оперативной памяти с помощью классических PCIe-накопителей Optane DC P4800X. 

Другой вариант базируется на применении модулей Optane DC PMM, он тоже позволяет расширять память за счет нового типа энергонезависимой памяти. Однако реализация DCPMM проще: она не требует установки накопителей с интерфейсом PCIe и лишена потенциального узкого места в виде пропускной способности PCI Express.

Вычисление полиномов. По мере роста интенсивности вычислений эффективность решений на базе Intel Optane приближается к уровню DRAM

В обоих сценариях память выглядит для рабочей задачи единым пространством; переделка программного обеспечения не требуется. Конечно, даже чипы Optane не столь быстры, как DRAM, но, как показывают результаты проведённых исследований, даже на задачах, чувствительных к пропускной способности подсистемы памяти, можно получить 25 ‒ 40% от производительности «только DRAM». В своей работе российский учёный использовал обе схемы, IMDT и DCPMM. Он оценил их эффективность в различных научных задачах и сравнил с показателями эталонной системы, использующей только классическую память DRAM.

Результаты тестирования: дискретные преобразования Фурье. IMDT справляется со сложными схемами доступа к памяти лучше, нежели DCPMM

В тех случаях, когда приложение не критично к ПСП, но чувствительно к объёмам, потери могут быть совсем незначительными, а выигрыш за счёт упрощения ПО ‒ весьма существенным. Обычно это задачи со сложными, но предсказуемыми схемами доступа к памяти. Есть свои выгоды и у схемы с использованием модулей Optane DCPMM ‒ она лучше всего показывает себя при простых алгоритмах доступа к данным.

Результаты тестирования: квантовая химия. Эффективность DCPMM выше, нежели IMDT

Для проведения экспериментов, доказавших надёжность и преимущества решений на базе Intel Optane, были использованы двухпроцессорные системы на базе Xeon Gold 6254. В конфигурации IMDT в системе присутствовало 192 Гбайт DDR4 и 4 накопителя Optane DC P4800X ёмкостью 375 Гбайт каждый (суммарно 1,5 Тбайт).

Результаты тестирования: моделирование динамики астрофизических объектов. Код не оптимален, потеря эффективности у обеих систем Optane

Сценарий DCPMM предусматривал установку 12 модулей DDR4 ECC по 16 Гбайт (192 Гбайт суммарно) и 12 модулей Optane DC PMM по 128 Гбайт (1,536 Тбайт суммарно); можно представить себе стоимость системы с таким объёмом памяти, построенной полностью на DRAM. «Контрольный» сервер использовал конфигурацию с 24 модулями объёмом 64 Гбайт ‒ те же 1,536 Тбайт суммарно.

Создано в России: программный комплекс HydroBox3D позволяет моделировать астрофизические феномены

В числе прочего стоит упомянуть использование отечественной разработки ‒ программного комплекса HydroBox3D для моделирования сложных гидродинамических процессов на базе технологии вложенных свёрток, применяющегося в астрофизике (проект AstroPhi). Авторство принадлежит сотрудникам Института вычислительной математики и математической геофизики СО РАН.

Сочетание неоптимального кода и плохой балансировки между NUMA-узлами. Оптимизация кода или политик NUMA улучшают ситуацию

Сочетание неоптимального кода и плохой балансировки между NUMA-узлами. Оптимизация кода или политик NUMA улучшают ситуацию

По итогам проведённого эксперимента становится очевидно, что использование технологий Intel Optane в научных расчётах полностью оправдано как с точки зрения достигаемой ёмкости подсистемы памяти, так и с точки зрения затрат на оборудование. В настоящий момент доступны модули Optane объёмом до 512 Гбайт и производительностью в районе 2,3 Гбайт/с при записи и 6,8 Гбайт/с при чтении данных. Массовые DIMM пока ограничены значением 64 Гбайт, хотя и более производительны.

Если вы заметили ошибку — выделите ее мышью и нажмите CTRL+ENTER.

Источник:

Постоянный URL: https://servernews.ru/998430
Поделиться:  

Комментарии

Система Orphus